Il est consacré à l’histoire du Protestantisme français, saisi dans son ancrage régional,  mais il s’adresse à des visiteurs de toutes confessions (ou sans confession). L’histoire de la minorité protestante constitue une excellente porte d’entrée pour l’intelligence d’enjeux très larges, qui sont ceux du pluralisme et de la paix religieuse à l’échelle de la nation. D’où le « programme » chronologique et intellectuel du musée de Ferrières : de la Réforme à la laïcité.

La laïcité à la française n’est ni tout à fait une exception, ni un modèle. Elle est le fruit d’une histoire déjà très longue, et dans laquelle les protestants ont joué un rôle qui n’a jamais été négligeable.

C’est à cette rencontre d’une nation et d’une minorité religieuse que le Musée de Ferrières est dédié. Le dernier message que ses visiteurs découvrent, en rebroussant chemin par la rampe, les invite à considérer avec un égal respect les religions et l’irréligion du monde. Ce n’est pas une injonction, mais une promesse.