Das Museum des Protestantismus von der Reform zu Laizität wird von einem Verein betrieben.

Der Verein wurde 1967, ein in Jahr vor der offiziellen Museumseröffnung im Schloss Ferrières gegründet.

Das Ziel war

– die Gründung, die Gestaltung und das Betreiben eines Museums

– die Suche, der Erwerb, die Sammlung und Klassifizierung, sowie der Erhalt und die Ausstellung aller Objekte, Dokumente, Manuskripte, Werke, Monografien, Grafiken, audio- und audiovisuellen Dokumente zur Geschichte und den Aktionen des lokalen Protestantismus.

Der Verein ist im Besitz der Sammlungen des Museums und demzufolge Garant für deren Erhalt. Die Société d’Histoire du Protestantisme Français (SHPF), eine religionsfreie unabhängige Gesellschaft überwacht die Einhaltung der Museumsaufgaben.

Der Verein organisiert die Ausstellungen, Konferenzen, Besichtigungen sowie alle Veranstaltungen des Museums.

Das Museum finanziert sich hauptsächlich durch Mitgliedsbeiträge, Eintrittpreise sowie öffentliche Subventionen.

Später wurde das Museum in das „Maison du Luthier“, ein benachbartes Gebäude, umgesiedelt, dessen komplexe Architektur sich jedoch als ungeeignet für eine moderne kulturelle Einrichtung erwies.